Paul Cantillon begon de brouwerij in 1900 in Anderlecht. Het is een familiebedrijf gebleven, nu van de familie Van Roy-Cantillon, en de laatste lambikbrouwerij van Brussel. Er worden lambiek, geuze, faro en kriek gemaakt met spontane gisting, in roodkoperen kuipen en in vaten die soms meer dan honderd jaar oud zijn.
In 1978 richtte brouwer Jean-Pierre Van Roy met vrienden het Brussels Museum van de Geuze op, om de brouwerij te redden in een tijd dat er nauwelijks vraag was naar lambiek. Zo werd Cantillon een werkend museum dat bezoekers ontvangt. Fruitbieren maakt de brouwerij alleen met vers fruit, zoals biologische krieken, 200 gram per liter.