Equilibrium begon aan het MIT, in een laboratorium voor milieutechniek waar de oprichters werkten aan schoon drinkwater voor onder meer Haïti en Bangladesh. Die kennis van wat er in water zit, zetten ze om in bier; de eerste brouwsels ontstonden in het huis van medeoprichter Pete Oates. In 2009 besloten ze een brouwerij te beginnen.
In 2015 kochten ze een pand aan Henry Street in Middletown, New York. Daar kwam in februari 2017 het eerste flessenbier uit en in juni 2017 de eerste blikken, Photon en MC². Eind 2019 volgde een taproom met biertuin in een voormalig bankgebouw aan South Street. Het motto van de brouwerij is Beer Balanced by Science.
